论文查重网站的数据安全保护措施主要包括加密传输、数据备份、权限管理、安全审计等方面。首先，通过SSL加密技术保障用户在上传论文时的数据传输安全，防止信息被第三方窃取。其次，定期进行数据备份，确保数据不会因意外丢失。另外，严格的权限管理系统可以保证只有授权人员才能访问用户上传的论文数据，避免信息泄露。最后，进行安全审计，监控和记录数据访问情况，及时发现异常行为并采取相应措施，提升数据安全保护水平。

为了加强论文查重网站的数据安全保护，除了常规措施外，还可以考虑引入多因素认证、数据加密存储、定期安全漏洞扫描等技术手段。多因素认证可以提高用户身份验证的安全性，确保只有授权用户才能访问系统。数据加密存储可以在数据库中对用户上传的论文数据进行加密存储，即使数据库泄露也不会泄露明文数据。定期安全漏洞扫描可以及时发现系统存在的安全隐患并及时修复，保障数据安全。这些综合措施能够有效保护论文查重网站用户上传的数据安全，增强用户信任度。