论文查重网站的隐私保护措施主要包括加密传输、匿名提交、数据隐私保护等。首先，网站采用SSL加密技术，保障用户在上传、下载论文过程中的数据传输安全。其次，用户可以选择匿名提交论文，不泄露个人身份信息。此外，网站会严格遵守相关隐私政策，对用户数据进行保密处理，防止泄露和滥用。

为了进一步保护用户隐私，论文查重网站还会定期更新隐私政策，告知用户个人信息的收集和使用方式，明确说明用户数据的归属和保护措施。同时，网站会限制员工访问各类用户数据，建立严格的权限管理制度，确保用户信息只被授权人员使用。用户也可以通过设置个人隐私选项，自主选择信息的公开程度，增强隐私保护意识。