在使用论文查重网站时，常见问题包括查重结果与实际情况不符、查重速度过慢、无法识别特殊格式等。首先，要确保上传的文档格式正确，并且内容完整，避免因格式问题导致查重不准确。其次，可以尝试优化文档内容，去除重复引用、修改语句结构等，提高查重结果的准确性。此外，选择知名度高、口碑好的论文查重网站也是解决问题的有效途径。

另外，一些论文查重网站可能存在收费不透明、隐私保护不到位等问题。在选择使用论文查重服务时，要注意查看网站的收费标准和隐私政策，避免因此带来不必要的麻烦。同时，定期更新文档、备份重要资料也是防范问题的有效措施。综上所述，了解并解决论文查重网站常见问题，可以提高使用体验，确保论文原创性和质量。